塑料周转箱在用于过滤、水产养殖、存放食品等特殊用途时需要对箱体进行消毒灭菌处理。具体消毒方式可以选择高温消毒、消毒液擦拭或者臭氧消毒。

高温消毒法：使用高温蒸煮可以消灭塑料周转箱表面大部份常见的细菌，在一定程度上达到消毒目的。使用这种消毒方式，消毒温度要根据塑料周转箱的耐高温程度进行调节。

擦拭消毒液：先在塑料周转箱表面擦拭84消毒液、高锰酸钾等消毒液，消毒过后再用清水冲洗即可。注意选用的消毒液不会对塑料周转箱产生化学反应，且使用剂量要控制好。

臭痒消毒：把塑料周转箱置于臭氧环境下进行杀菌消毒。因为臭氧是一种强氧化剂，高浓度臭氧可能加快塑料周转箱的老化速度，所以把臭氧浓度适当降低到一定程度后，对塑料周转箱的影响才会变得微乎其微。